HPS GPIO dikonfigurasi oleh perangkat lunak HPS selama proses booting, selama HPS GPIO diaktifkan dalam sistem Platform Designer. Mereka aktif setelah dikonfigurasi oleh perangkat lunak FSBL dan dapat dikontrol oleh perangkat lunak pengguna. perangkat lunak Intel® Quartus® Prime Edition harus menghasilkan peringatan atau galat jika sinyal ini diaktifkan dalam sistem Platform Designer tetapi tidak terhubung ke pin perangkat dalam desain.
Versi mendatang dari perangkat lunak Intel Quartus Prime Edition dijadwalkan untuk menghasilkan pesan galat/peringatan jika sinyal HPS GPIO diaktifkan dalam sistem Platform Designer tetapi tidak terhubung ke pin perangkat dalam desain.