Bagi master lain untuk mengendalikan bus konfigurasi AP, master harus menegaskan nCONFIG rendah untuk setidaknya 500 ns untuk mengatur ulang perangkat Cyclone® III atau Cyclone IV E dan menolak nCE tinggi untuk menonaktifkan perangkat Cyclone III atau Cyclone IV E. Hal ini mengatur ulang perangkat Cyclone III atau Cyclone IV E dan menyebabkannya menyatakan tiga status bus konfigurasi AP-nya. Master lainnya kemudian mengendalikan bus konfigurasi AP.
Setelah perangkat utama lainnya selesai, perangkat ini merilis bus konfigurasi AP, kemudian melepaskan pin nCE, dan akhirnya pulsa nCONFIG rendah untuk memulai ulang konfigurasi. Dalam skema konfigurasi AP, beberapa master membagikan flash paralel dan kontrol bus dinegosiasikan oleh pin nCE.