Perbedaan paling jelas yang mencegah kompatibilitas pin di seluruh rangkaian adalah bahwa Stratix GX menawarkan blok transiver di satu sisi perangkat sementara Stratix tidak. Selain itu, meskipun bank IO Stratix GX (selain yang berisi blok transiver) memiliki fungsi yang serupa dengan Stratix, pin di bank-bank ini juga tidak sepenuhnya kompatibel. Masalah seperti kemampuan perutean dan migrasi vertikal dalam rangkaian Stratix GX memerlukan pin untuk ditempatkan di lokasi yang berbeda dari yang ada di Stratix.
Untuk daftar lengkap perbedaan antara kedua perangkat, anda harus memeriksa berkas pinout yang tersedia dari perangkat Stratix dan Stratix GX yang bersangkutan.