Pin positif REFCLK/DIFFCLK satu ujung dari bank 3B atau bank 8B tidak dapat dialihkan ke inti FPGA. Ini karena tidak ada jalur perutean antara pin clock dan inti FPGA. Anda akan melihat galat yang lebih bugar dari perangkat lunak Quartus® II jika penetapan pin di atas ditambahkan ke desain.
Pin positif REFCLK/DIFFCLK berujung tunggal hanya dapat dialihkan ke MPLL5, MPLL6, MPLL7, dan MPLL8 ketika PLL ini digunakan untuk aplikasi non-transiver.