Ada masalah dalam versi perangkat lunak Quartus® II 9.1 dan sebelumnya, di mana jalur migrasi dari perangkat Stratix® IV GX EP4SGX530KH40 ke perangkat HardCopy® IV GX HC4GX35FF1517 gagal mengenali batasan pada penggunaan blok PCIe Hard IP (HIP) selama tahap pemasangan Stratix IV GX.
Ketika desain menargetkan perangkat HardCopy IV GX HC4GX35FF1517 dengan perangkat Stratix IV GX EP4SGX530KH40 sebagai prototipe, dan memiliki antarmuka PCIe, hanya gunakan transiver quads GXBL0, GXBL1, GXBR0, dan GXBR1 dengan BLOK PCIe HIP. Blok HIP PCIe tidak tersedia untuk empat GXBR2 dan GXBL2.
Masalah ini dijadwalkan akan diperbaiki dalam rilis perangkat lunak Quartus II di masa mendatang.