Karena masalah pada perangkat lunak Quartus® II versi 10.1 dan yang lebih baru, file pin-out (.pin) yang dihasilkan untuk perangkat Stratix® IV GT salah menunjukkan pin CONF_DONE dan nSTATUS sebagai GND*.
Masalah ini telah diperbaiki dimulai dengan perangkat lunak Quartus II versi 11.0.