Karena masalah dalam perangkat lunak Quartus® II versi 13.1 pembaruan 4 dan yang lebih baru "Tampilkan PIN Antarmuka Keras PCIe" untuk Cyclone® V GX (5CGXFC5C6U19A7) salah menunjukkan PIN R16 (nPERSTL0)sebagaimana terkait dengan PCIe® Hard IP yang terletak di bank transiver bawah.
Lokasi pin yang benar untuk Hard IP yang terletak di bank transiver bawah adalah PIN R17 (nPERSTL1)
Masalah ini saat ini dijadwalkan untuk diperbaiki dalam versi perangkat lunak Quartus II di masa mendatang