Untuk mengatasi masalah ini dalam versi perangkat lunak v12.0SP2, modifikasi berkas RTL Qsys tingkat atas yang dihasilkan otomatis untuk memastikan bahwa parameter berikut diatur:
.bypass_clk_switch_hwtcl ("false"),
.cseb_cpl_status_during_cvp_hwtcl ("completer_abort"),
.core_clk_sel_hwtcl ("core_clk_250"),
.rx_ei_l0s_hwtcl (0),
.enable_l0s_aspm_hwtcl ("false"),
Masalah ini diperbaiki pada perangkat lunak Quartus II versi 12.1sp1.