Perbedaannya bisa disebabkan oleh USERCODE JTAG nilai dalam register opsi. Ketika opsi Kode Pengguna Otomatis diaktifkan, selama setiap kompilasi , nilai checksum diperbarui secara otomatis ke dalam register JTAG USERCODE dalam pemrograman berkas yang berbeda.
Dalam opsi Perangkat dan Pin di bawah tab Umum, nonaktifkan kotak centang Kode pengguna Otomatis. Hal ini memungkinkan opsi kode pengguna JTAG diatur ke nilai bawaan 0xFFFFFF. Anda dapat menetapkan nilai hex apa pun untuk kode pengguna JTAG selama nilainya sama untuk mode dasar dan revisi sebelum setiap kompilasi. Pastikan pengaturan opsi lain di Quartus® II sama untuk mode dasar dan revisi sebelum setiap kompilasi.