Anda tidak akan dapat mengonfigurasi perangkat EP2S60 dengan Altera Serial FlashLoader menggunakan file JIC di programmer perangkat lunak Quartus® II versi 5.0 SP1 karena file desain Serial FlashLoader untuk perangkat ini hilang di direktori instalasi Quartus \bin\devices\programmer.
Patch 1.05 tersedia untuk memperbaiki masalah dalam perangkat lunak Quartus II versi 5.0 SP1.
Masalah ini diperbaiki di perangkat lunak Quartus II versi 5.1 dan yang lebih baru.