Ada bug dalam perangkat lunak Quartus® II versi 9.1SP2. Ini menghasilkan file terenkripsi yang salah untuk perangkat Arria® II GX dalam mode konfigurasi AS.
Jika file yang tidak terenkripsi berhasil mengonfigurasi perangkat Arria II GX, itu mengindikasikan koneksi perangkat keras baik-baik saja. File .jic atau .pof yang diensipsi yang dihasilkan oleh perangkat lunak Quartus II versi 9.1SP2 memiliki jumlah PLC yang salah, sehingga pemeriksaan CONF_DONE akan gagal.
Solusinya adalah menonaktifkan CONF_DONE memeriksa pengaturan Lanjutan sembari mengonversi berkas pemrograman.
Masalah ini telah diperbaiki pada perangkat lunak Quartus II versi 10.0.