Karena perubahan dalam versi perangkat lunak Quartus® II 12.0, meregenerasi megafungsi Altera PLL (altera_pll) yang dibuat dalam perangkat lunak Quartus II versi 11.1 SP2 dan sebelumnya dapat mengakibatkan file variasi yang kehilangan beberapa clock output. Hal ini dapat terjadi terlepas dari apakah megafungsi diregenerasi menggunakan GUI Manajer Plug-In MegaWizard™ atau baris perintah qmegawiz. Masalah ini dapat memengaruhi desain apa pun menggunakan megafungsi PLL Altera termasuk penargetan desain Stratix® V, Arria® V, dan perangkat Cyclone® V.
Misalnya, jika Anda memiliki megafungsi Stratix V Altera PLL yang dihasilkan dalam perangkat lunak Quartus II versi 11.1 SP2, dan Anda mencoba meregenerasi PLL dalam perangkat lunak Quartus II versi 12.0, megafungsi dapat kehilangan pengaturan konfigurasinya dan kembali ke output clock tunggal.
Parameter megafungsi Altera PLL dalam perangkat lunak Quartus II versi 12.0 berbeda dari parameter di perangkat lunak Quartus II versi 11.1 SP2 dan sebelumnya. Oleh karena itu, megafungsi tidak kompatibel antar versi.