Baris berikut harus ditambahkan ke file SVF, tergantung pada berapa banyak perangkat sebelum dan/atau setelah perangkat Stratix II dalam rantai JTAG. Anda harus tahu daftar instruksi dan bypass panjang register semua perangkat lain dalam rantai. Tambahkan baris setelah baris FREQUENCY pada berkas SVF:
HIR 10 TDI (3FF); 'TIR 10 TDI (3FF); 'HDR 1 TDI (1); 'TDR 1 TDI (1); '
Anda perlu memodifikasi komponen yang memeriksa perangkat JTAG IDCODE juga. Misalnya jika Anda menggunakan EP2S130, secara bawaan file memiliki baris berikut:
MASKER SDR 32 TDI (FFFFFFFF) TDO (020950DD) (0FFFFFFF);
Tambahkan pada baris berikut tepat sebelum baris di atas:
SIR 10 TDI (006);
Berkas SVF kini dapat digunakan untuk memprogram kunci keamanan. Namun, harap diperhatikan bahwa modifikasi ini saja tidak mengontrol tegangan pemrograman 3,7V.