Ada masalah dalam perangkat lunak Quartus® II versi 8.1 yang menggunakan nilai Jumlah Panjang Program (PLC) yang salah di nilai . File JIC dihasilkan untuk perangkat Stratix® III menggunakan Serial Flash Loader (SFL). Anda dapat mencoba menyesuaikan nilai PLC, untuk sebagian besar kasus, menyesuaikan nilai PLC menjadi -8 akan memperbaiki masalahnya. Nilai PLC dapat disesuaikan dengan menggunakan tab "Lanjutan" dari jendela Konversi File Pemrograman.
Masalah ini telah diperbaiki pada perangkat lunak Quartus II versi 9.0.