Anda bisa mendapatkan kesalahan verifikasi dengan programmer perangkat lunak Quartus II versi 5.1 jika perangkat flash Anda tidak terhapus ketika Anda memprogramnya dengan desain baru. Pemrogram dalam versi 5.1 tidak secara otomatis menghapus perangkat flash sebelum pemrograman. Anda harus mencentang kotak untuk fungsi penghapusan guna melakukan penghapusan flash sebelum pemrograman. Pemrogram tidak mengizinkan Anda untuk memeriksa kotak penghapusan dan program secara bersamaan.
Masalah ini telah diperbaiki dimulai dengan perangkat lunak Quartus II versi 6.0.