Opsi logika "Preserve Counter Order" membuat Quartus II tidak dapat memutar output penghitung untuk memenuhi persyaratan kipas desain yang mungkin ada. Misalnya, ketika "Preserve Counter Order" tidak digunakan, clock yang ditempatkan pada C0 pada wisaya dapat diputar ke C2 selama tahap pemasangan kompilasi untuk berhasil merutekan desain.
Cara kerja terbaik untuk masalah tidak cocok ini adalah mengkompilasi desain terlebih dahulu tanpa mengaktifkan fitur konfigurasi ulang PLL. Kemudian, setelah pemesanan penghitung optimal ditentukan, modifikasi PLL agar sesuai urutan tersebut (seperti yang ditunjukkan dalam laporan penggunaan PLL), kemudian aktifkan fitur konfigurasi ulang PLL. Quartus II kemudian akan mempertahankan pesanan konter ini karena konfigurasi ulang diaktifkan dan Anda akan memiliki kesuksesan sesuai dengan desain Anda.