Pelambatan IDE Nios® II dapat dilacak kembali ke plug-in Eclipse C/C Development Tooling (CDT). Salah satu fungsi yang diberikan CDT adalah kemampuan pengindeksan yang telah ditingkatkan dalam plug-in versi 3.1.0. IDE Nios II versi 6.1 menggunakan CDT versi 3.1.0 yang menghilangkan banyak masalah performa yang pernah dimiliki Nios II IDE. Versi CDT sebelumnya juga berisi masalah pengeditan besar termasuk berkas yang menyebabkan Nios II IDE gagal merespons.
Untuk memperbaiki masalah ini, disarankan untuk meningkatkan ke perangkat lunak Quartus® II versi 7.2 atau yang lebih baru. Secara default indexing diatur ke "fast indexing" dalam Nios II IDE untuk semua proyek baru. Untuk mengontrol pengaturan pengindeks global, arahkan ke menu berikut di Nios II IDE:
Window --> Preferences--> C/C --> Indexer
*Catatan: Pengaturan ini hanya tersedia di Nios II IDE versi 6.1 dan seterusnya
Pengindeks berguna untuk memahami kode C dan pencarian simbol cepat.
Untuk informasi tambahan tentang pengindeks, silakan merujuk pada Nios II bantuan on-line EDS.