Jika perangkat PCIe® RP dan EP mendukung Gen2 dan tautan hanya muncul dalam kecepatan Gen1,
maka ini mungkin masalah pengaturan.
Spesifikasi dasar per PCIe, ketika tautan berhasil masuk ke L0 pada Gen1, perangkat lunak harus mengatur bit 5 dari register Link Control di port root untuk memicu tautan pelataran kembali untuk negosiasi Gen2.
Untuk Altera® inti PCIe, register Kontrol Link terletak pada 0x90 dalam ruang konfigurasi PCI.