Masalah telah diidentifikasi dengan kotak centang "Prosesor Mulai" dalam opsi konfigurasi debug di Nios® II Alat Build Perangkat Lunak untuk Eclipse. Menghapus centang opsi ini tidak mencegah prosesor berjalan.
Masalah ini akan diatasi dalam versi Nios II Software Build Tools yang akan datang untuk Eclipse.