Jumlah instruksi yang memerlukan lebih dari satu siklus clock ditentukan oleh kompleksitas ALU dan arsitektur pipeliningnya. Oleh karena itu, siklus minimum dan maksimum per instruksi tergantung pada inti yang Anda pilih (Nios® II/f, Nios II/s, Nios II/e).
Inti Nios II/f memiliki ALU yang lebih besar dan lebih kompleks yang menjalankan beberapa instruksi dengan lebih cepat. Inti Nios II/e memiliki ALU yang lebih kecil yang secara umum memerlukan siklus clock lebih banyak untuk menjalankan instruksi, pemanfaatan logika perdagangan untuk performa. Misalnya, menggunakan inti Nios II/f, instruksi peralihan barel akan dilakukan dengan terlebih dahulu menukar kata sebelum mengubah bit individu, memungkinkan instruksi peralihan laras selesai dalam lebih sedikit siklus clock. Inti Nios II/e hanya bergeser satu per satu melalui kata 32 bit, yang dapat memakan waktu hingga 32 siklus clock.
Untuk detail tentang setiap inti Nios II termasuk siklus per instruksi, lihat bab 5, Detail Implementasi Inti Nios II, dalam Buku Panduan Referensi Prosesor Nios II (http://www.altera.com/literature/lit-nio2.jsp).