Karena masalah dalam perangkat lunak Quartus® II versi 14.0, Qsys salah membatasi frekuensi minimum HPS User Clocks ke frekuensi clock referensi eksternal (OSC1/2).
Untuk mengatasi masalah ini, edit pengaturan PLL secara manual untuk clock pengguna di berkas /generated/pll_config.h sebelum dijalankan untuk membangun perangkat lunak pre loader.
Lihat Halaman Kustomisasi Clocking Preloader di www.Rocketboards.org untuk informasi tentang pengeditan secara manual pll_config.h
Masalah ini telah diatasi untuk rilis Perangkat Lunak Quartus II berikutnya