Quartus® II versi perangkat lunak 8.0 SP1 dan sebelumnya pada Linux atau UNIX tidak membaca berkas quartus.ini dari direktori quartus/bin , tetapi mengharuskan berkas quartus.ini berada di lokasi berikut:
- Sub-direktori quartus/<linux/solaris> (sebagaimana sesuai) dalam instalasi Quartus II, jika quartus.ini digunakan untuk semua proyek
- Direktori proyek Quartus II, jika quartus.ini hanya digunakan untuk proyek lokal atau saat ini
Perilaku di Linux dijadwalkan untuk diubah menjadi menirukan perilaku Windows dalam rilis perangkat lunak Quartus II di masa depan.