Saat menggunakan Nios II Flash Programmer (kini "quartus_pgm --nios2") dengan IP Serial Flash Controller II dalam desain, diperlukan opsi baru "--csr" yang harus ditentukan dalam string perintah.
Opsi --csr harus ditentukan dengan alamat antarmuka "avl_csr" dari inti IP Serial Flash Controller II. Misalnya, dalam sistem Platform Designer dengan rentang alamat antarmuka "avl_csr" 0x1000_0000-0x1000_003F, gunakan "--csr=0x10000000".
Fitur ini diharapkan akan didokumentasikan sepenuhnya dalam versi Nios II Flash Programmer User Guide di masa mendatang.